当教室は、昭和19年4月に三重県立医学専門学校が設立されると同時に、渡辺篤教授によって開講されました。昭和23年2月に三重県立医科大学に昇格し、昭和25年には三重県立大学が認可されました。

昭和36年、渡辺篤教授が学長に就任するとともに、三吉康郎助教授が第2代主任教授に昇進しました。三吉教授は優れた臨床家であると同時に気道粘膜の生理と病態を中心テーマとして基礎的研究にも力を注ぎ、現在の耳鼻咽喉科学教室の基礎を作りました。

昭和47年に国立に移管され、三重大学として医学部附属病院ともに現在の場所に設置されました。

昭和60年9月に坂倉康夫が第3代主任教授に就任し、平成11年8月に間島雄一が第４代主任教授に就任し、平成20年11月に竹内万彦が第5代主任教授に就任し現在に至っています。

当教室では一貫して「気道の生理と病態」の解明を研究の主要テーマとしています。